The German Wikipedia article on Verberststellung (that is positioning of the verb before the subject) gives three examples for this syntactical order in subordinate clauses:
- Konditionalsatz:
Hätte ich mehr Zeit gehabt, hätte ich einen kürzeren Brief geschrieben.
(Alternativ: Wenn ich mehr Zeit gehabt hätte, hätte ich...)
- Konzessivsatz:
War der Auftritt auch etwas misslungen, so hatte er immerhin Aufmerksamkeit erregt.
(Alternativ: Wenn der Auftritt auch etwas misslungen war, so... / Obwohl/Wenngleich der Auftritt etwas misslungen war, ...)
- Kausalsatz:
Er gab die Hoffnung auf, hatte er doch seit einer Woche keine Nachricht erhalten.
(Alternativ: Er gab die Hoffnung auf, wo er doch seit einer Woche keine Nachricht erhalten hatte./...weil er seit einer Woche...)
Your sentence
Waren es zunächst kaum hundert Menschen, kamen im Herbst 1989 Montag für Montag immer mehr Bürger in die Leipziger Innenstadt.
belongs to the second category. It could be rephrased by using obwohl, auch wenn and the like:
Obwohl es zunächst kaum hundert Menschen waren, kamen im Herbst 1989 Montag für Montag immer mehr Bürger in die Leipziger Innenstadt.
As it was discussed in the comments, there is (at least) a fourth category:
- Adversativsatz:
Hat es gestern noch geregnet, so scheint heute schon die Sonne.
(Alternativ: Während es gestern noch geregnet hat, scheint heute die Sonne.)
Example taken from Canoo.net
If you want to distinguish adversative and concessive constructions, then your example can be included into this category and it can be rephrased with während:
Während es zunächst kaum hundert Menschen waren, kamen im Herbst 1989 Montag für Montag immer mehr Bürger in die Leipziger Innenstadt.
As I understand/feel it, in the above cases the Verberststellung is used to omit the conjunction. For my taste this is a very formal word order that is used not very often in every-day speech.