Viele große Markeninhaber haben Richtlinien aufgestellt, wie man ihre Markennamen verwenden muss. Es ist zwar fraglich, wie weit man sich daran halten muss, gerade hierzulande, andererseits kann es nicht schaden, davon mal etwas gehört zu haben.
Wenn du eine Arbeit zum Beispiel für eine Hochschule schreibst, kannst du dort auch Informationen über die Verwendung von Marken bekommen - mitunter gibt es entsprechende Vorgaben, die du ohnehin einhalten musst.
In der Regel muss man da nicht so kleinlich sein und ein genereller Disclaimer über verwendete Marken reicht völlig aus. Außerdem kann es sinnvoll sein, in den Begriffs- oder Abkürzungslisten einfach den kompletten Markennamen mit allem Trara und eine Kurzform aufzulisten. Wenn man nämlich im Text andauernd Microsoft® WinFX™ Software Development Kit for Microsoft® Pre-Release Windows Operating System Code-Named "Longhorn", Beta 1 Web Setup lesen muss, wird es irgendwann ziemlich anstrengend ;)
Selbst die "normalen" Namen wie "Microsoft Windows Vista" können, ständig im Fließtext wiederholt, äußerst anstrengend zu lesen sein. Die Lesbarkeit sollte hier sicher Vorrang haben. Sofern man den Namen entweder bereits definiert hat oder bei der ersten Verwendung mit den entsprechenden Symbolen versehen hat, sollte das auch kein Problem darstellen.
Unabhängig von Markennamen kann es sinnvoll sein, Eigennamen (einschließlich Produkt- und Markennamen) gesondert hervorzuheben. Kapitälchen oder kursive Schrift wären da einige Möglichkeiten.