Es gibt weder »mehr falsch« noch »weniger falsch« weil es auch weder »mehr richtig« noch »weniger richtig« gibt. Allenfalls könnte man die Fehler zählen, und von Sätzen mit mehr oder weniger Fehlern sprechen.
Unter der Prämisse, dass »Main.xml« tatsächlich weiblich ist, ist von deinen beiden Sätzen ist der erste richtig und der zweite falsch.
Aber der richtige Satz ist stilistisch schlecht.
Zu allererst würde ich »Main.xml« durch »Datei Main.xml« oder »File Main.xml« ersetzen, dann steht nämlich das Geschlecht außer Zweifel:
Diesen finden Sie im in der Datei Main.xml konfigurierten Verzeichnis.
Diesen finden Sie im im File Main.xml konfigurierten Verzeichnis.
Und als nächsten Schritt würde ich die Konfiguration nicht in einem vorangestellten Attribut erwähnen, sondern in einem nachgestellten Attributsatz:
Diesen finden Sie im Verzeichnis, das in der Datei Main.xml konfiguriert ist.
Diesen finden Sie im Verzeichnis, das im File Main.xml konfiguriert ist.