The relevant rule is § 74 E2:
Wenn eine beiordnende Konjunktion wie und, oder (§ 72) Satzglieder oder Teile von Satzgliedern mit Nebensätzen verbindet, so steht zwischen den Bestandteilen einer solchen Reihung kein Komma. Gegenüber dem übergeordneten Satz sind die Teile der Reihung nur dann mit Komma abgetrennt, wenn der Nebensatz anschließt, nicht aber, wenn das Satzglied bzw. ein Teil eines Satzgliedes anschließt:
[…]
Bei großer Dürre oder wenn der Föhn weht, ist das Rauchen hier streng verboten.
So there has to be a comma after waren in your example sentence:
Aufgrund des Wetters und da drei Tage vergangen waren, marschierten wir los.
You may regard und da drei Tage vergangen waren as parenthesis and thus also put a comma before und, but I would consider this not to be appropriate in most contexts.