Vielleicht ist es in diesem Zusammenhang sinnvoll, die einzelnen Fälle, in denen ein Nebensatz vorhanden ist, aufzuzeigen. Denn davon gibt es überraschend viele:
Es gibt zudem eine Menge Sonderfälle, die in keine dieser Kategorien passen:
- Da ging er fort, was mich erleichterte.
Andererseits sieht man viele Kommata häufig in komplizierten Schachtelsätzen, wo sie nichts verloren haben:
- Der große, grüne Troll, der unter der Brücke saß, die über den Fluss führte, der in das Meer mündete.
Man kann diese Fälle gut daran erkennen, dass die einzelnen Nebensätze schnell den kontextuellen Bezug zueinander verlieren. Ändert sich im selben Satz das "Thema" sehr stark (vgl. Troll → Meer), so kann man von einem Schachtelsatz ausgehen. Diese sind nicht generell falsch (wie z. B. verschachtelte Klammern), werden aber (heutzutage) eher gemieden.
In deinem Beispiel gibt es nur wenige Möglichkeiten, den Satzbau zu verbessern. Hier muss man vor allem zwischen der Nebensatzbildung und der Auflistung unterscheiden.
Ich kann laufen, fahren, fliegen oder schwimmen.
Die ersten vier Segmente sind Nebensätze und korrekt getrennt. Im zweiten Teil gibt es eine Liste der Form "1, 2 und 3". Drei Nebensätze zu verschachteln, ist zwar nicht besonders elegant, aber durchaus erlaubt. Eine weniger komplizierte Ausdrucksweise, mit nur einem Nebensatz, wäre zum Beispiel:
Im Projektordner können Dateien abgelegt werden, die Variablen enthalten. So kann man deren Inhalte auch nach einem Neustart des Programms, des Plug-ins oder der Komponente beibehalten.
Der Projektordner bietet die Möglichkeit zur Ablage von variablenenthaltenden Dateien zum Zwecke der Beibehaltung ihrer Inhalte auch nach dem Neustart des Programs oder des Plugins oder der Komponente.
Nur mit mehreren Sätzen ist es wohl verständlicher.