Das Wort „worauf“ kann verschiedene Bedeutungen haben. In Duden Band 10 – Bedeutungswörterbuch findet man die folgende Auflistung:
worauf <Pronominaladverb>:
<interrogativ>
a) auf welche Sache?: worauf kommt es hier an? sinnv.: auf was.
b) auf welcher Sache?: worauf liegst du? sinnv.: auf was.
<relativisch>
a) auf welche (eben erwähnte) Sache: das Geld, worauf ich warte. sinnv.: auf das.
b) auf welcher (eben erwähnten) Sache: der Stuhl, worauf er sitzt. sinnv.: auf dem.
c) auf welchen (eben erwähnten) Vorgang folgend: ich gab ihm den Brief, worauf er das Zimmer verließ.
Hier trifft der Fall 2 a) zu. Beide in der Frage genannten Sätze sind somit korrekt:
Hier ist die Datei, auf die du wartest.
Hier ist die Datei, worauf du wartest.
Allerdings wird in Duden – Richtiges und gutes Deutsch erklärt, dass der relativische Gebrauch der mit wo[r]- gebildeten Pronominaladverbien mehr und mehr zurückgeht.
Überwiegend – insbesondere bei Personen – wird die Verbindung Präposition + Relativpronomen gebraucht und auch vom Duden empfohlen:
Das ist die Welt, in der wir leben.
selten: Das ist die Welt, worin wir leben.
Dies ist der Wagen, mit dem sie flüchteten.
selten: Dies ist der Wagen, womit sie flüchteten.
Die große Sorgfalt, mit der hier gearbeitet wird.
selten: Die große Sorgfalt, womit hier gearbeitet wird.
Die Leute, von denen ich euch erzählte, sind eingezogen.
nicht: Die Leute, wovon ich euch erzählte, sind eingezogen.
Das ist eine Vorgesetzte, auf die man zählen kann.
nicht: Das ist eine Vorgesetzte, worauf man zählen kann.
Dementsprechend sollte auch im in der Frage dargestellten Fall die Verbindung Präposition + Relativpronomen vorzuziehen sein:
Hier ist die Datei, auf die du wartest.
selten: Hier ist die Datei, worauf du wartest.
Wenn jedoch kein Bezugswort vorhanden ist, dann wird das Pronominaladverb vorgezogen:
Das ist alles, worum ich Sie bitte.
selten: Das ist alles, um was ich Sie bitte.
Es gibt manches, wozu ich mehr Lust hätte.
selten: Es gibt manches, zu dem ich mehr Lust hätte.