While I do agree with Wrzlprmft's statement about the Duden's significance, for me, it still is a good starting point.
Whether the currency symbol is to the left or right of the price
The closest I could find to answer your question is a blog post on Neue-Rechtschreibung.net which cross-references the printed version of one of Duden's editions:
Die Währungseinheit ist im Allgemeinen nach dem Betrag zu schreiben, weil sie auch erst nach der Zahl gesprochen wird. Man schreibt also in fortlaufenden Texten, Geschäftsbriefen usw. 3,45 €; 270,00 EUR usw. In Aufstellungen und im Zahlungsverkehr kann das Währungszeichen aus Gründen der besseren Übersicht auch vorangestellt werden (€ 3,45; EUR 0,05).
[Aus: Duden, Band 9, zitiert von Neue-Rechtschreibung.net]
Therefore, according to the Duden (Band 9) you would start with the figure followed by the currency unit („nach dem Betrag“) as this is how you would usually use it orally („… weil sie auch erst nach der Zahl gesprochen wird“), e.g.:
Das Buch kostet 99 Cent.
or
Der Kaffee kostet 1,80 €.
The part about the Aufstellungen deals with how you'd write figures with currency units in lists or tables. In this case, Duden recommends pre-fixing the figure with the currency unit for reasons of clarity.
Whether using a symbol such as $, £, € means a different format to using USD, EUR, CHF
To quote the aforementioned blog again:
Gleiches gilt natürlich auch für andere Währungen.
=> The same is true for currencies other than Euro.
Thinking about daily usage and what I have seen so far I'd say that: no, using the symbol means no different format that using, e.g., USD, EUR, ….
According to the German Wikipedia about „Schreibweise von Zahlen“,:
Folgt auf die Zahl ein Einheitenzeichen (cm, km, °C) oder steht vor/hinter einer Zahl ein Währungszeichen (€, EUR, $), so ist dieses Zeichen im Computersatz durch ein geschütztes Leerzeichen oder ein geschütztes schmales Leerzeichen anzubinden.
they are seen as the same („Währungszeichen (€, EUR, $)“).
Which symbol to use as thousands separator
A space.
1 234 567,78 €
To quote the aforementioned Wikipedia entry:
Der Duden übernimmt die Schreibweise von Zahlen aus den DIN-Normen, gibt also ebenfalls das Leerzeichen zur Tausendertrennung vor.
=> The Duden borrows the notation from the DIN norms DIN 1333 and DIN 5008.
Which symbol to use as decimal point
As a decimal point, you would usually use a comma, e.g.
1,32 m (1.32 metres)
2,99 €
Whether the rules also cover the formatting of foreign currencies
This has been mentioned before: They do.