Depending on where you're saying it, there is a multitude of correct ways to translate the meaning of the English sentence.
It also can seem strange to use your own company's name in third person – again depending on where the sentence is supposed to be written/said.
Just to point out a few more ways of putting it:
Für das in uns gesetzte Vertrauen möchten wir uns bei Ihnen herzlich bedanken
Wir freuen uns, dass wir Sie als geschätzten Kunden erneut begrüßen dürfen/durften
Or, if used in the beginning of a letter:
Sehr geehrte/r X,
da Sie schon seit (timeframe Z) bei der Firma Y treuer Kunde sind, möchten wir uns bei Ihnen mit folgendem Angebot bedanken:
(I would probably still not use Firma Y
in third person, though.)
I put emphasis on all relativising words just to show that there are so many possible options; there is not the one phrase that fits all. There is also a large amount of personal preference, both on the sending and on the receiving side.