Die Geolino-Site hat folgende Erklärung:, wie die Redensart entstanden ist.
Das ist zwar eine seltsame Vorstellung, aber die Redewendung "der hat doch einen Vogel" wird oft benutzt, wenn Menschen etwas Dummes erzählt oder getan haben. Früher wurde dieser Ausspruch jedoch nur zu geisteskranken Menschen gesagt.
Es war nämlich ein alter Volksglaube, dass Geistesgestörtheit von Vögeln ausgelöst wurde. Allerdings nicht dadurch, dass die Menschen Tauben züchteten oder Kanarienvögel und Wellensittiche besaßen. Nein, damals wurde angenommen, dass die Vögel direkt im Gehirn nisten sollten. Und wenn dann jemand etwas tat, was die anderen nicht nachvollziehen konnten, dann hatte der wohl einen Vogel - im Kopf.
Genau so erklärt sich übrigens auch der Ausspruch "Bei dir piept es wohl"!