Bei einfachen Aussagen „<Subjekt> ist <Prädikativ>“ gibt es keinen semantischen Unterschied zwischen „nicht-<Prädikativ> sein“ und „<Prädikativ> nicht-sein“. Die gängige Form einer negierten Frage ist hier:
Ist <Subjekt> nicht <Prädikativ>?
Will man die suggestive Wirkung einer negierten Frage vermeiden, muss man statt „nicht-<Prädikativ>“ eine andere Formulierung wählen (notfalls mit der Vorsilbe „un-“):
„Ist es nicht möglich, …?“ — „Ist es unmöglich, …?“
Bei quantifizierten oder bedingten Aussagen ist das Negieren schwieriger. Dann verwendet man gerne die Form:
Ist nicht <Aussage ohne ist>?
Beispiele:
„Jede Antwort ist hilfreich.“ — „Ist nicht jede Antwort hilfreich?“
„Eine ist manchmal zu wenig.“ — „Ist nicht eine manchmal zu wenig?“
„Wenn es regnet, ist die Straße nass.“ — „Ist nicht die Straße nass, wenn es regnet?“
Jede andere Position von „nicht“ wäre hier verfremdend oder zumindest verwirrend. Das letzte Beispiel ist zugegebenermaßen eher etwas für Mathematiker als für Linguisten :-)
Nichtsdestotrotz und auf die Gefahr hin, obige Aussagen über den Haufen zu werfen:
Verkäufer: „Von diesem Wörterbuch rate ich ab.“
Kunde: „Ist dieses Wörterbuch nicht besser als das andere?“
Der Kunde stellt hier einfach die gegenteilige Aussage des Verkäufers in Frage. Aber:
Verkäufer: „Das andere Wörterbuch ist im Sonderangebot.“
Kunde: „Ist nicht dieses Wörterbuch besser als das andere?“
Mit dieser Formulierung vermeidet der Kunde, dem Verkäufer eine Aussage („Dieses Wörterbuch ist schlecht“) in den Mund zu legen. Aber das sind sprachliche Feinheiten, die ich selbst nicht vollständig beherrsche.