etwas ist vorhanden
means something is available (link).
jemandem etwas zur Verfügung stellen
means to make sth. availabe to someone or provide something (link)
Thus, vorhanden sein is a state, and zur Verfügung stellen is an action (kudos @Jan Doggen).
Zur Verfügung stellen is rarely used in colloquial speech, but it is often used in business context, for example:
Ich stelle Ihnen die Informationen/die Akte zur Verfügung.
And now, your example:
Die Datei wird zur Verfügung gestellt.
Your example is grammatically not correct, however, Germans tend to use present tense to
decribe future actions (e.g Ich esse morgen Pizza).
Grammatically correct would be:
Die Datei wird zur Verfügung gestellt werden.
and that means that "The file will be made available (to you)" (Thus, in this moment, you don't have access yet)