Nein, 'sie' ist hier nicht redundant.
Ohne sie wird der Satz unverständlich.
Das ist eine hervorragende Frage! Denn obwohl die Antwort für ein deutsches Ohr eindeutig ausfällt, ist die grammatische Erklärung keinesfalls offensichtlich. Ich musste einige Zeit grübeln.
Die grammatische Erklärung ist:
Das erste die (das unmittelbar nach Schnellboote und dem Komma) steht nicht im Nominativ, sondern im Akkusativ, und ist daher nicht das Subjekt sondern das (Akkusativ-)Objekt des ersten Relativsatzes:
Die Wasserschutzpolizei hatte die [Schnellboote] erhalten.
Würde man nun im zweiten Relativsatz das sie weg lassen, würde man das bisherige Subjekt als übernommen ansehen, und es käme folgender (falscher) Satz heraus:
[Die Wasserschutzpolizei] waren ganzer Stolz.
Dieser Satz ist offensichtlich weder verständlich noch korrekt - Subjekt im Singular, Prädikat im Plural, Subjekt und Prädikat passen weder grammatisch noch inhaltlich zusammen.
Durch das Einfügen von sie wird dagegen alles passend sortiert:
Sie [Schnellboote] waren deren [=der Wasserschutzpolizei] ganzer Stolz.