Ich habebin aus Berlin nach München umgezogen.
Ich habebin von Berlin nach München umgezogen.
This is tricky, because it depends on the other preposition. With nach, both are possible, it's a matter of personal preference. (umgezogen haben means to have redressed)
Ich bin aus Berlin weggezogen.
Ich bin von Berlin weggezogen.
I strongly tend towards aus but many many speakers like von better.
Ich bin von Berlin ins Umland gezogen.
Ich bin von Berlin an die See gezogen.
Ich bin von Berlin hinter die Oder gezogen.
These require the von.
Der Zug fährt von Berlin nach München.
Strictly von, because Berlin and München are train stations here. It's not important the train left the Berlin area at some moment during the journey.
Ich bin aus Berlin hergekommen.
Yes. Von is also possible, a matter of personal preference.
Ich bin aus Berlin nach München hergekommen?
Ich bin von Berlin nach München hergekommen?
Her- verbs don't mix well with nach. Again, both aus and von are possible.
Der Zug fährt über Berlin.
The train stops at Berlin, but does not end there. (über denotes a station name, in this case an arbitrary one in Berlin, most likely the Hauptbahnhof.)
Der Zug fährt durch Berlin.
The trains runs through Berlin. (it may stop there, but this isn't required.)