Ja, man kann ein Gewässer oder einen anderen ökologischen Lebensraum restaurieren. Restaurieren bedeutet dabei, dass man versucht den natürlichen/naturnahen Zustand, der vor dem Eingegriff des Menschen bestanden hat, wiederherzustellen.
Aus dem Leitfaden zur Renaturierungvon Feuchtgebieten in Brandenburg:
Die wichtigsten Restaurierungsmaßnahmen (siehe auch KALETTKA 1996) sind: Sanierung und Wiederherstellung von Binneneinzugsgebieten (siehe Kap. 1.5.1.1), Rückbau von Entwässerungssystemen,...
Da das leider nur selten funktioniert (der menschliche Einfluss ist überall) und es auch die philosophische Frage aufwirft, ob man einen menschlichen Eingriff durch einen anderen menschlichen Eingriff rückgängig machen und den natürlichen Zustand wiederherherstellen kann, spricht man in der Ökologie meist von Renaturierung oder Revitalisierung (siehe auch "Biodiversität: Grundlagen, Gefährdung, Schutz (2014) von Rüdiger Wittig, Manfred Niekisch; Seite 432" )