This sentence is not well thought-out.
ENU- und NED-System gleichen sich darin, dass die xy-Ebene beider parallel zur Erdoberfläche verläuft, die senkrecht darauf stehende z-Achse aber im Fall der Landfahrzeuge vom Erdmittelpunkt weg zeigt, bei Raum-, Luft- und Wasserfahrzeugen dagegen zum Erdmittelpunkt hin.
The two systems are similar in one respect: the xy-plane is parallel to the surface of the earth. However, they differ with regard to the z-axis, which points either up (away from the earth's core) or down (towards the earth's core).
Therefore, having everything be subordinate to the verb gleichen is just wrong; another verb, such as sich unterscheiden, needs to be added.
ENU- und NED-System gleichen sich darin, dass die xy-Ebene beider parallel zur Erdoberfläche verläuft, sie unterscheiden sich aber darin, dass die senkrecht darauf stehende z-Achse im Fall der Landfahrzeuge vom Erdmittelpunkt weg zeigt, während sie (die z-Achse) bei Raum-, Luft- und Wasserfahrzeugen dagegen zum Erdmittelpunkt hin zeigt.
Regarding the status of zum Mittelpunkt hin, weg. Although of course particle verbs such as hinweisen, weglegen exist, there are also instances where hin, weg clearly belong to the prepositional phrase.
Dazu bedient man sich der Schwerkraft, die zum Erdmittelpunkt hin nach dem Fallgesetz zunimmt. 1
Die Sammler sind zur Erdoberfläche hin wasserdurchlässig. 2
Alle Dinge hätten einen natürlichen Drang zum Erdmittelpunkt hin. 3
The meaning is that of a trajectory. In the third example, the prepositional phrase modifies Drang; in the other two, they modify the verb.
For another example of a prepositional phrase being modified by an adverb, see this answer.