The quote has some typos in it, probably from copying it from a written source. Let us first correct these, i have marked them bold:
"Und nun heute? Heute, nachdem nun zwei Generationen sich einander gegenüberstehen: die eine, das unbegriffene Judentum ererbt, ohne den Geist als heilige Mumie in Händen tragend, fürchtend, den Geist zu wecken; die andere, zum Teil in edlem Feuer glühend für den Juden Wohl, aber das Judentum nur als geistlose Erscheinung, als einer längst zu Grabe gegangenen Zeit angehörig achtend, den Geist suchend und nicht findend, und im besten Streben Gefahr laufend, den Juden zu helfen und auf dem Wege dahin des Judentums letzten Nerv zu durchschneiden."
"Nachdem sich nun zwei Generationen gegenüber" lacks a Verb. I suppose it is "gegenüberstehen", which means "face each other".
"Für den Juden Wohl" is the wrong case and most probably should read "für der Juden Wohl": "for the Jews' well-being".
The last part of the quote, starting with "die andere" translates approximately to:
the other, [...] and, albeit with best intentions, running the risk of helping the Jews but by doing so removing the last vestiges of Judaism.
To sever their connection last to Judaism last connection, or to harm Judaism itself?
Perhaps the latter, if Judaism can be "harmed" at all. Also, what the author understands under "Judaism" (my translation for "Judentum") is not clear.
Since I am of a rather cynical disposition my interpretation is along the lines of someone venting his angst that people, once they are comfortable, might be less willing to obey bronze-age rules which enforce racism, misogyny and all the other things that made the bronze-age such a great time, but that is only me.