Wie du schon erkannt hast, ist „Hast du sie noch alle?“ eine Redewendung und *sie* hat daher nicht wirklich eine Bedeutung. Ich würde „Hast du noch alle Tassen im Schrank?“ als Herkunft sehen, das *sie* würde sich dann auf die Tassen beziehen, welche wiederum für die Gedanken der angesprochenen Person stehen, im Sinne von „Hast du deine Gedanken noch alle beisammen?“