Es gibt noch eine dritte Version, die vermutlich sogar die am häufigsten verwendete ist:
Mein Kind will sich heute nicht die Zähne putzen.
In dieser Version bildet »die Zähne putzen« eine semantische Einheit, die einen bestimmten Vorgang beschreibt, und die Verneinung steht vor dieser Gruppe, um die Gruppe als Ganzes zu negieren. Die Weigerung des Kindes bezieht sich also nicht auf das Putzen an sich, oder darauf, irgend etwas mit den Zähnen zu machen, sondern ganz konkret auf die Kombination aus beidem: Das Putzen der Zähne wird abgelehnt.
Die beiden anderen Versionen bedeuten zwar im Grunde dasselbe, und es muss betont werden, dass auch sie völlig korrekte deutsche Sätze sind, aber sie weisen feine, kaum wahrnehmbare Nuancen in der Bedeutung auf, die auch der Grund dafür sind, warum man sie seltener verwendet:
Mein Kind will sich heute die Zähne nicht putzen.
Hier steht die Verneinung nur vor dem Verb putzen. Es geht also nicht um die Zahnpflege, sondern es wird (zumindest auf den ersten Blick) eine allgemeine Abneigung gegen jegliches Putzen formuliert, die sich - mehr oder weniger zufällig - in Akt des Zähneputzens manifestiert. Wie gesagt ist das eine sehr feine Färbung der Bedeutung, die sowohl vom Sprecher als auch vom Hörer meist gar nicht bewusst wahrgenommen wird und in Wahrheit auch unbedeutend ist. Aber sie führt dazu, dass sich dieser Satz ein wenig seltsam anfühlt und daher nicht so häufig verwendet wird wie der ersterste.
Mein Kind will sich heute keine Zähne putzen.
Das Indefinitpronomen »kein« hat sich aus althochdeutsch »nih ein« (übersetzt in modernes Deutsch: »nicht ein«) im Mittelhochdeutschen über »nech ein« und »neck ein«, dann »nek-ein« und »ne-kein« weiter zu »kein« verändert. Und auch heute noch wird »kein« als Synonym für »nicht ein« verstanden.
Wenn das Kind also »keine Zähne« putzen will, dann will es vordergründig zwar etwas putzen, aber das, was es putzen möchte, ist »nicht ein Zahn«, also keinen einzigen Zahn. Streng genommen sagt dieser Satz also aus, dass das Kind zwar gerne etwas putzen möchte (denn das Verb putzen ist nicht verneint), aber es will auf keinen Fall Zähne putzen (sondern vielleicht irgend etwas anderes, was aber nicht Teil der Aussage des Satzes ist).
Beachte, dass auch diese Interpretation im Grund darauf hinausläuft, dass das Kind die Zahnpflege ablehnt. Die beschriebene Bedeutung ist also auch in diesem Satz nur eine kleine Abwandlung der Weigerung des Zähneputzens, und diese Abwandlung ist auch so klein, dass sie kaum bewusst wahrgenommen wird, aber sie ist da, und sie ist der Grund, warum diese Formulierung seltener verwendet wird als die erste.