The expression has its roots in the passive voice when the Täter are abstract entities (means), not persons:
Der Apfel wird vom Kind gegessen. (der Täter ist hier das Kind)
Sein Ziel wurde nur durch harte, tägliche Arbeit erreicht. (der Täter ist hier kein Wesen, sondern Arbeit, ein Mittel)
According to Canoonet.eu Arbeit plays the role of Vermittler. A passive with durch it signals the mean an action is accomplished with. So
6 geteilt durch 2 ist 3
shorthand for something like
Wenn 6 durch 2 geteilt wird, ist das Ergebnis 3.
Here, of course, zwei is the means you use to divide.
Of course there's no reason to think that this expression in German should match the English one, but it does:
6 divided by 2 is 3
is also a passive voice.