The variant that sounds most normal (in a neutral context) is 2. Here, "in die Schule zu gehen" is probably a unit, i.e. a compound predicate. It also contains the sentence stress ("in die SCHUle zu gehen"). So when you negate the meaning of the sentence, "nicht" is placed in front of that.
It is possible to use the word order in 1 (though it may sound clumsy), but the stress pattern has to adapt. Here you need narrow focus on "gehen", in this case probably understood as "walk / zu Fuß gehen".
- "Die Kinder brauchen heute in die Schule nicht zu GEHEN"
may mean that someone will drive them to school instead. This is a narrow focus, so it is just about the contrast "gehen" with some other activity. Everything else is given and therefore precedes the negation.
In general, negation usually precedes a stressed part of the clause and says that you actually want something that is in contrast with this information. Therefore, the position of "nicht" is variable, it depends on what you want to negate, and it is closely connected with the placement of stress. The Duden grammar (2022 ed.) puts it as follows (p. 254): "Zum Fokusbereich: Negierte Sätze äußert man gewöhnlich nicht einfach ins Blaue hinein – normalerweise will man damit eine Aussage oder eine Erwartung korrigieren, und zwar meist nicht zur Gänze. Vielmehr steht gewöhnlich ein Teil der Aussage im Zentrum der Aufmerksamkeit. Um zu einem zutreffenden, nicht verneinten Satz zu gelangen, muss man nur diesen Teil korrigieren. Man spricht hier vom Fokusbereich der Negation... [in sum]: Die Negationspartikel "nicht" steht am linken Rand ihres Fokusbereichs."