Die beiden Sätze sind verschieden. Im ersten Beispiel wechselt das Subjekt (von "Uhr" zu "ich"). Im zweiten Beispiel bleibt der Zug das Subjekt.
Schauen wir uns erstmal das zweite Beispiel an:
Der Zug ist verspätet, der [fährt] aber bald.
Hier kann man das Pronomen auch weglassen, was etwas eleganter klingt:
Der Zug ist verspätet, fährt aber bald.
Oder man fügt einen Punkt ein, weil der Sprecher eine Pause macht:
Der Zug ist verspätet. (Pause) Er fährt aber bald.
In dem Fall klingt das Personalpronomen besser als das Demonstrativpronomen. Also verbessern wir das zweite Beispiel zu:
Der Zug ist verspätet, er fährt aber bald.
Mit "der" ist es nicht falsch, aber mit "er" klingts natürlicher.
Schauen wir uns jetzt das erste Beispiel an:
Die Uhr ist alt, die habe ich von meinem Opa.
Wenn man hier das Pronomen weglassen will, muss man den zweiten Satz umstellen:
* Die Uhr ist alt, habe ich von meinem Opa.
geht nicht, aber das hier geht:
Die Uhr ist alt, ich habe sie von meinem Opa.
Aber diese beiden Sätze würde man so nicht ohne wenigstens eine kurze Pause sprechen, also ist ein Punkt zwischen den Sätzen vielleicht ein klein wenig besser als ein Komma:
Die Uhr ist alt. (Pause) Ich habe sie von meinem Opa.
Wenn man einen Punkt setzt, muss man den zweiten Satz aber nicht umstellen:
Die Uhr ist alt. (Pause) Hab ich von meinem Opa.
Das ist sehr an der gesprochenen Sprache orientiert, deshalb habe ich auch "habe" zu "hab" verkürzt.
Alle Varianten ohne "*" kann man verwenden. Welche besser ist, kommt darauf an, in welchem Kontext sie verwendet wird.