As far as I see, Brunetti has just noticed the changing weather. So the sentence could be simplified to:
Eine Aqua Alta würde ihn kaum berühren.
With "rechnete sich aus, dass ..." this is reinforced.
The "..., wenn er...über...musste" is a bit risky, but here it is no problem at all. There is only the auxiliary "musste"; it refers directly to his "Weg zur Arbeit".
It does not matter if he has to wet his socks at the Rialto Bridge, or if he can take a detour. The disturbance is there.
The "würde" stays even when you change it to:
Eine Aqua Alta würde ihn kaum berühren, ausser bei der Rialto
Brücke, auf dem Weg zur Arbeit und zurück.
Glücklicherweise lag die Gegend um die Questura so hoch, daß sie nur
bei allerschlimmster Flut überschwemmt wurde.
Despite the emotional first word, this is a fact: it happens 2 or 3 times per century, as experience shows.
This "allerschlimmste" is a bit baroque; it is not specific, unless in a statistical sense. Rekordflut?
If you choose a hypothetical kind of flood, it changes to konjunktiv:
Glücklicherweise lag die Gegend um die Questura so hoch, daß sie nur
bei einem Tsunami überschwemmt würde.
The added article also helps make it unique/hypothetical. Here it might even be "spelled out" to clearly show the irreal aspect: "...bei einem Tsunami überschwemmt werden würde".