Alle diese Sätze sind grammatikalisch korrekt, aber sie setzen einen anderen Schwerpunkt:
Sie hat einen Stein auf ihn geworfen.
Diese Variante wird überlicherweise verstanden werden, dass die Betonung auf dem Stein liegt. Einfach um klarzustellen, dass es keine Flasche oder Tomate war, sondern ganz klar ein Stein.
Sie hat auf ihn einen Stein geworfen.
Diese Variante legt die Betonung auf "ihn". Man kann sich eine Situation vorstellen, wo mehrere Leute auf andere Steine geworfen haben und es geht darum, wer auf wen geworfen hat. Wenn man die Betonung mal durch Fettschrift hervorhebt, würde folgendes klären, auf welche Zielperson "sie" den Stein geworfen hat.
Sie hat auf ihn einen Stein geworfen.
Alternativ kann die Betonung auch nur auf "ihn" liegen. Wenn sich einer beschwert, dass "sie" ihn mit einem Stein beworfen hat, "sie" aber auf jemand anderen geworfen hat, könnte die Antwort sein, dass der Vorwurf nicht stimmt, denn
Sie hat auf ihn einen Stein geworfen.
Ähnliches gilt auch für die Nebensätze.
Alle Personen wurden mit Steinen beworfen, aber niemand weiß, wer auf ihn einen Stein geworfen hat.
Oder aber:
Er wurde mit vielen Gegenständen beworfen, aber niemand weiß, wer einen Stein auf ihn geworfen hat.