Offenbar ist der Ablaut "-in" zur Bildung weiblicher Nomen schon sehr alt. Schon im Althochdeutschen finden wir zahlreiche so feminisierte Wörter:
chuningin (Königin), hundynne (Hündin)
Damals kamen auch Endungen -inna und -inne vor.
Franz Bopp schreibt in seinem Werk "Vergleichende Grammatik des Sanskrit, Zend, Griechischen, Lateinischen, Lithauischen, Gothischen und Deutschen" (Dümmler 1833 S. 1187 f.):
Im Althochdeutschen entspricht das Suffix inna, wahrscheinlich durch Assimilation aus inja für inia, so dass dem sanskritischen Feminincharakter ī sich noch der gewöhnliche Ausgang a (aus â, goth. ó) beigefügt hat. Beispiele sind: gut-inna Göttin, kuning-inna Königin, meistar-inna [...]. Im Nominativ und Akkusativ bestehen abgekürzte Formen auf in, wie gutin, kuningin (neben gutinna, kuninginna), worauf sich unsere neudeutschen Formen wie Göttin, Königin stützen.
Vermutlich stammt unser heutiges Ablaut -in als abgewandelter Form ursprünglich aus dem Sanskrit. Leider schreibt auch Bopp nur wenig zu der unterschiedlichen Entwicklung in den anderen indogermanischen Sprachen.