Ich habe so allerhand Erklärungen gehört. Zusammenhang mit Sünde, was allerdings nicht überzeugt. Sogar Zusammenhang mit Sund (Name einer Meerenge) habe ich gehört. Aber es müßte eigentlich möglich sein, hier etwas Brauchbares zu finden. DWDS versucht es, die Deutungen dort laufen letztlich auf eine Wortfamilie wie in lat. semper (immer) hinaus. Aber die Sintflut der Bibel dauert nicht immer an. Wenn ich mich recht erinnere, stieg das Wasser 40 Tage lang an, bis die Bergspitzen mit Wasser bedeckt waren und es soll etwa ein Jahr gedauert haben, bis das Land wieder trocken war. Aber ein solcher Zeitraum ist nicht immer. http://www.dwds.de/?qu=sintflut
https://de.wikipedia.org/wiki/Sintflut
Meine persönliche Meinung ist, dass Sint- in Sintflut mit lateinisch centum hundert zusammen hängt und einfach Jahrhundertflut bedeutet, also die gŕößte Flut eines Jahrhunderts. Natürlich kann ein solches Wort seine Bedeutung erweitern zu größte Flut überhaupt, so wie das Wort in der Bibel gebraucht wird.
Ein Lautwandel von c zu s ist nicht das Normale. Der reguläre Lautwandel von lateinisch c ist zu k/h im Deutschen, wie bei L caput - D Kopf / Haupt. Ich nehme bei cent-um zu Sint- einen Sonderfall an, dessen Gründe man erst ermitteln müßte. Es gibt aber solche Sonderfälle wie bei die Sichel, Zusammenhang mit lat.falcicula, Diminutivform von L falx/falcis. (fal)cicula und die Sichel stehen in Zusammenhang.