Beides ist möglich.
Insbesondere dann, wenn der Kasus der Abkürzung durch den Artikel deutlich wird, kann man guten Gewissens auf das 's' verzichten. Man kann also sowohl des BHKW, als auch des BHKWs schreiben.
Worauf man verzichten sollte sind Apostrophe. Also bitte kein BHKW's.
Bei Pluralbildungen sollte man allerdings (besonders dann, wenn die Grundform auch schon mit die gebildet wird) ein s anhängen (etwa die GmbH - die GmbHs). Für das BHKW also entsprechend die BHKWs (Nom. Pl.), bzw. der BHKWs (Gen. Pl.).
Für weitere Informationen hier zur Dudenredaktion oder dieser Website.
EDIT:
Dies bezieht sich nur auf sogenannte Initialwörter/Akronyme. Abkürzungen mit einem Punkt an Ende (um es zu vereinfachen) folgen anderen Regeln, die auch unterm Dudenlink zu finden sind. Ebenfalls kann es Ausnahmen bei Abkürzungen geben, "die nie in der gesprochenen Sprache verwendet werden (z.B. RAe (= Rechtsanwälte))."