Es kommt mit der Zeit
Diese Phrase bedeutet, dass etwas noch nicht da ist, dass es also noch nicht existiert bzw. noch nicht der Fall ist. Es bedeutet aber auch, dass es in der Zukunft kommen wird. Es kommt gemeinsam mit der Zeit. Wenn »neue Zeit« (also die Zukunft) kommt, kommt auch das, worauf sich »es« bezieht.
Wir blicken hier also in die Zukunft und machen eine Vorhersage über ein Ereignis (eine Zustandsänderung), das (meist ohne unser Zutun) in der Zukunft geschehen wird.
Es ist an der Zeit
Das bedeutet, dass das, worauf sich »es« bezieht, mit einem bestimmten Zeitpunkt verknüpft ist, an dem es erledigt werden soll. Dieser Zeitpunkt lag vor einigen Stunden, Wochen, Jahren noch in der Zukunft. Aber inzwischen ist Zeit vergangen (Zeit ist gekommen), und der Zeitpunkt, an dem es erledigt werden soll, ist nun Gegenwart geworden. Es sollte also, gemäß ursprünglichem Plan, genau jetzt erledigt werden. Man muss nicht länger darauf warten, dass der optimale Zeitpunkt für die Erledigung irgend wann einmal kommt. Dieser Zeitpunkt ist jetzt da.
Wir betrachten hier also die Gegenwart und leiten aus den gegenwärtigen Gegebenheiten die Notwendigkeit ab, jetzt etwas zu tun.